工程管理軟件在工程項目財務內部控制中的不足
由于工程管理軟件中各模塊之間關系復雜，系統內部數據冗余，比較缺乏統一的集成性，部分企業對工程管理軟件的運用缺乏整體規劃，內部應用的深度也不同，難以實現企業內部統籌管理，從而導致工程管理軟件在公司財務內部控制中存在一些不足。
（一）財務人員對工程管理軟件缺乏正確認識
工程管理軟件是市場經濟和信息時代下的產物，是一種管理模式而非單純的管理信息系統。從實現方式來看，工程管理軟件實施工作量大，實施過程長，涉及范圍廣，對后續運營維護所需的人力和資金有一定要求，由于大多數工程企業對工程管理軟件的認知不足，導致許多企業實施工程管理軟件沒有得到預期的效果。
從工程項目行業市場調查反饋的員工教育程度來看，只有20%的員工學歷屬于本科及以上，80%的員工學歷屬于專科及其他，高級管理人員年齡均在四十歲及以上，工程項目作為一個穩定的集團，人才固化、從業人員老齡化的問題可以說非常嚴重。企業內財務人員對工程管理軟件這類新生事物的接受學習能力較弱，經常出現操作失誤的情況，影響了財務質量，并且高級管理層對工程管理軟件的重視程度有所欠缺。各業務模塊工作人員僅了解自己負責的業務流程，不了解其他業務模塊的工作原理。
（二）信息安全存在風險
在經營過程中，工程管理軟件需要錄入供應商資料、客戶資料、員工信息等高度機密的信息。工程管理軟件依靠計算機和網絡運行，但是當前網絡安全并不能絕對保證，黑客的技術越來越成熟，因而容易發生黑客入侵、病毒植入等網絡安全問題，近幾年傳播面較廣的勒索病毒，就有多次入侵工程公司數據庫的情況發生。
（三）對工程管理軟件建設存在誤區
某些企業內部管理模式存在問題，沒有形成良好的內部控制體系，容易導致某些數據出現失真的情況，并且企業規章制度執行不到位，工程管理軟件畢竟是一個沒有思想的管理系統，在一個管理基礎差的企業是難以發揮作用的。
工程管理軟件的建設是一項長期且艱巨的項目，需要隨著企業業務范圍、經營目標需要不斷做出改進。而不是像許多企業內部管理人員認為工程管理軟件一經投入使用，就無需后續的維護。還有，在決策方面，工程管理軟件只能提供相應的科學參考依據，不能替代管理層作出決策。
（四）工程項目內部審計面臨新的挑戰
對于我國的工程企業而言，大多數工程管理軟件實施過程既缺乏專業人員，也缺乏對未來管理模式變遷的清晰認識，這種情況非常容易在實施過程中出現各種問題。
使用工程管理軟件后，信息由紙質變為電子數據，憑證和單據可以自動生成。如果企業內部出現舞弊者，對程序進行更改，進而對數據進行非法更改，并且不會留下痕跡，因而增加了企業內部審計取證調查的難度。
這些問題說明了工程項目公司財務內部控制面臨數據質量與運行效率較低，在公司經營管理需求和財務管理目標發生轉型的過程中，現有的財務組織無法快速適應，財務職能仍然停留在基礎性工作上，財務人員面臨價值方向的轉型。
